系統運行時，物料由泵抽出平衡罐，經二次蒸汽加熱的管殼式換熱器和直接蒸汽加熱的管殼式換熱器預熱至75~78℃，然后由泵加壓至0.6MPa左右，進入蒸汽噴射加熱器。同時，壓力為1MPa的蒸汽噴入料液中，料液瞬間升溫至150℃，保溫2秒鐘。然后進料液體在真空下進入閃蒸罐，由于壓力突然下降，其中的水含量急劇增加。料液迅速升溫至77~78℃。從閃蒸罐蒸發的二次蒸汽分別流入管殼式換熱器和冷凝器，流經換熱器的二次蒸汽冷凝并通過與冷料液的熱交換排出。進入凝汽器的二次蒸汽由凝汽器內的冷卻水冷凝排出，不可凝汽由真空泵抽走。滅菌后的料液收集在閃蒸罐底部，并保持在一定水平。滅菌后的料液通過無菌泵送到均化器進行均化。均質材料進入冷卻器進一步冷卻后，被送到無菌罐或無菌灌裝機進行灌裝。
